Akademia Jagiellońska jest uczelnią niepubliczną istniejącą od 2003 roku. Uczelnia została wpisana do prowadzonego przez Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego rejestru uczelni niepublicznych i związków uczelni niepublicznych pod numerem 281.
W początkowym okresie działalności funkcjonowała pod nazwą
Toruńska Szkoła Wyższa. Następnie, w latach 2013-2022 jako Kolegium
Jagiellońskie – Toruńska Szkoła Wyższa. Obecną nazwę przyjęła w 2022
roku.