Początkiem krakowskiej muzycznej uczelni wyższej, było powstanie Szkoły Muzycznej Towarzystwa Muzycznego, która dzięki zabiegom Władysława Żeleńskiego dnia 01-02-1888r., została przemianowana na Konserwatorium Towarzystwa Muzycznego. Po wznowieniu powojennej działalności w 1945r., uczelnia nie miała sprecyzowanego statutu kształcenia, dopiero rok później po reformach przeprowadzonych za zgodą Departamentu Muzyki Ministerstwa Kultury i Sztuki, ustalono trójstopniowy system kształcenia, od 01-04-1946r., placówka działała jako Państwowa Wyższą Szkoła Muzyczna.

 Rozwój sztuki muzycznej i powstawanie nowych wydziałów, podniosły uczelnię w 1979r. do rangi akademii, a od 01-01-2021r., uczelnia prowadzi działalność edukacyjną pod nazwą Akademii Muzycznej im. Krzysztofa Pendereckiego w Krakowie.

Wysoki poziom dydaktyczny i światowej sławy kompozytorzy, tacy jak Krzysztof Penderecki i teoretycy muzyki, stworzyli własne programy edukacyjne zwane „krakowską szkołą kompozytorską” i „krakowską szkołą teoretyczną”. Jako jedyna polska uczelnia muzyczna w gronie absolwentów posiada dwoje późniejszych Ministrów Kultury, jak i dwoje zwycięzców w Międzynarodowym Konkursie Pianistycznym im. Fryderyka Chopina.